Genetické hodiny

Dnes začnu tam, kde jsem minule skončil. Víme, v čem se Roman s Petrem neshodují. Liší se průměrně ve třech privátních SNP markerech na Y-DNA. Z obr. níže je vidět, že jeden se liší ve třech a druhý ve čtyřech SNP. Ke změně v této části genomu dochází zhruba jednou za 3 až 4 generace nebo jinak ‒ jednou za ~100 roků.

Vysvětlivka s pomocí ChatGPT. Lidský genom obsahuje přibližně 3 miliardy bází DNA, které se skládají ze čtyř základních nukleotidů: adeninu (A), guaninu (G), cytosinu (C) a thyminu (T). Mezi jednotlivými jedinci se vyskytují drobné rozdíly v DNA, které se nazývají polymorfismy jediného nukleotidu neboli SNP (Single Nucleotide Polymorphisms).

V závislosti na definici SNP se odhaduje, že lidský genom obsahuje přibližně 4 až 5 milionů SNP. Nicméně, většina těchto SNP se nachází mimo geny a neovlivňují jejich funkci. Pouze malá část SNP se nachází uvnitř genů a může ovlivnit jejich funkci nebo přispět k riziku vzniku určitých onemocnění.

Privátní "rozdílové" SNP zeleně [1] modře [2]
zdroj: ftDNA

Jedna z teorií o genetických hodinách skrytých v Y-DNA naznačuje, že významnější než počet generací je uplynulý čas mezi současníky a vzdáleným předkem v mužské linii. Z toho mi vychází, že náchylnost k vytváření mutací (soukromých SNP) je spíše u otců po čtyřicítce než u otců dvacátníků.

[1] Následuje řada Romanovy otcovské linie. První číslo je dožitý věk otce a v závorce je jeho věk, kdy se narodil syn. U nejbližšího společného předka (Adama Šemíka) si nejsme jistí datem narození, proto otazník. V jakém věku se narodili jeho synové jen odhaduji. Časový rozestup mezi nimi byl asi 10 let. Řada začíná otcem Romana a končí Adamem.

81(28) ← 84(25) ← 70(34) ← 80(25) ← 75(28) ← 61(26) ← 71(52) ← 73(54) ← ?(28) ← ?(23)

[2] Pro srovnání uvádím Petrovu linii, která je o generaci  kratší. Náš vzájemný vztah je 8C1R, osmý bratranec jednou posunutý. Zprava doleva počínaje Adamem, konče Petrovým otcem.

              45(41) ← 80(36) ← 70(33) ← 78(27) ← 79(34) ← 93(59) ← 48(30) ← 60(37) ← ?(33)

Věk otce v době narození potomka jsem pro obě linie zprůměroval a označil medián, který ještě více naznačuje, že více změn SNP u linie [2] je dílem náhody a dílem věku otců.

[1] průměr 32,3 let; medián 28 roků

[2] průměr 36,7 let; medián 34 roků

Zpátky na zem

Po 28. lednu trvalo necelý týden a na stránkách ftDNA se objevuje odhad doby, kdy žil nejbližší společný předek Romana a Petra. To jsou ty dvě trikolóry s modrým klínem na obrázku.

Time Tree - časový strom  ftDNA, stav k 22.2.2023

Z předchozího dílu známe odhad na základě rozdílů na STR markerech. Rok 1616 pro R-FT174249 je pravděpodobně počítán i s přispěním počtu mutací SNP markerů. Algoritmus neznám, ale přibližný rok, kdy se měl narodit Adam Šemík, je udivující.

Co víme o Adamovi z písemných pramenů? V roce 1651 je uvedeno, že mu je 23 let. Jedná se o zápis v Soupisu poddaných a tento věk je třeba brát s rezervou - nejedná se o matriční údaj. Janu Šemíkovi, předpokládanému Adamovu otci, bylo v roce 1651 kolem 55 let. Dá se tedy předpokládat, že se Adam narodil ve dvacátých letech 17. století.

Pravděpodobnostní graf, který s
 ostatními statistickými možnostmi
ukazuje nejpravděpodobnější
dobu narození společného předka.

Období mezi roky 1620 a 1630 je dobou těsně po bitvě na Bílé hoře. Zároveň to je počátek zmatku a zmaru války dnes zvané třicetileté. Odhad z Y-DNA se bude s přibývajícími otestovanými vzorky měnit. Jen během psaní tohoto článku došlo ke změně odhadu TMRCA o jeden rok (1616 → 1617).

Přesnější údaj o narození Adama Šemíka již zřejmě neobjevíme. Důležitější je potvrzení, že Adam je skutečně společným předkem klanu Šemíků. Otázka, která by mohla být v budoucnu zodpovězena, je jiná. Odkud předci Adama přišli na Hory Vrbické, na Vysočinu, na území dnešních Čech a Moravy, do střední Evropy? Přišli ze Střední Asie po stepní dálnici severně od Kaspického a Černého moře nebo jižní trasou přes Malou Asii?

Čekáme na bratrance v „modré zóně“
(období 1600 n.l. - 1000 př.n.l.)

Je zajímavé, že při současném stavu vědění má celá haploskupina R-Y874 geneticky blíže k Arpádovcům z území dnešního Maďarska, než k jakémukoli nositeli haploskupiny R1a, který si nechal v posledních letech svoje Y-DNA otestovat, a je z Čech nebo Moravy.

Čekáme, až se nechají otestovat další vzdálení bratranci nebo se objeví aDNA vzdálených příbuzných mužů v archeologických nálezech. Čekáme na někoho, kdo se oddělí na jednom ze 41 společných SNP. Čím více společných SNP markerů budeme mít, tím blíže bude náš společný předek. Na základě počtu SNP mutací se objevuje na ftDNA nová podskupina R-FT174249. Na YFull tato podskupina dostala označení R-Y184931. V „modré zóně“ zatím nemáme nikoho, kromě „záhadné“ podskupiny FT172727. Může to být tím, že se v našem genetickém okolí nenechal otestovat dostatečný počet jedinců. Mohlo to být způsobeno i efektem úzkého hrdla láhve při prudkém poklesu počtu jedinců v populaci.

R-M207>M173>M420>M459>M198>M417>PF6162>Z93>Z94>Z2124>Z2125>Z2123>Y934>Y874>FT174249

vlevo Block Tree, vpravo Time Tree haploskupiny R-Y874

FT174249 je tzv. terminální SNP, poslední společný obou vzdálených bratranců. Společných máme s Petrem 41 SNP (veřejných, Public). Lišíme se průměrně ve třech (soukromých, Private) SNP. Ale o tom až příště...

41 veřejných SNP