Malý krůček a velký skok

Přátelé, je to malý krůček pro lidstvo, ale velký skok pro klan Šemíků. Bude to delší text, možná ho rozdělím na dvě části. Na začátek krátké shrnutí.

Postupné zpřesňování výsledků Petra

Během ledna došlo k dokončení testu Petra Šemíka a byla vytvořena nová haploskupina R-FT174249. Bez nadsázky můžeme tuto větvičku na Y-DNA stromě udržovaného na stránkách FamilyTreeDNA (ftDNA) nazvat haploskupinou Šemíků.

A nyní si zkusme představit, že neznáme našeho společného předka Adama Šemíka. Odhlédněme, že jsme v posledním desetiletí vypátrali mnohé z historie našeho klanu počínaje polovinou 17. století po současnost. Před půldruhým rokem jsme dosáhli v projektu Genetika a příjmení hrubé ověření, kteří muži s příjmením Šemík mohou či nemohou mít společného předka v řádu několika málo století. Když jsem si v roce 2019 nechal udělat u společnosti Family Tree DNA test, byl jsem v haploskupině R-Y874 jedním z mála Evropanů na západ a severozápad od Černého moře.

11.1.2023 jsem nahrál výsledky na YFull

Až do roku 2021 to takto zůstalo beze změny. Nejbližší společný předek se vyskytoval téměř před 4 tisíci lety kdesi v širším okolí Kaspického moře. Tehdy si na YFull nahrál někdo s vlaječkou Iránu kit YF82979 a tím nás oba posunul ke společnému předkovi zhruba o 1000 let vpřed. Byl jsem s ním na YFull zařazen do podskupiny R-FT172727. Výsledky vzdáleného bratrance na YFull dnes vidět nejsou, protože si zařazení do haplostromu nazaplatil. Na ftDNA není ani tento vzdálený bratranec, ani tato podskupina.

17.1. na YFull vznikla podskupina R-Y184931
(na ftDNA bude pojmenována jako R-FT174249)

Od roku 2021 až do poloviny ledna tohoto roku jsme se dál nepohnuli. A pak došlo ke skoku. Hrubé Petrovy výsledky jsem nahrál na YFull. Mezitím na ftDNA šlo podle prvních výsledků odhadovat dobu života nejbližšího společného předka Romana a Petra. Na základě čtyřech rozdílů na 111 STR markerech vidíme na starším pravděpodobnostním modelu, že předpokládaný odhad 10 generací ke společnému předkovi je bezmála 99%.

Starší model výpočtu TMRCA
(zdroj ftDNA)

V posledních dnech se na ftDNA objevil nový model odhadu. Místo počtu generací zobrazuje interval roků, kdy mohl žít nejbližší společný předek v mužské linii. Na Y-111 markerech máme s Petrem následující rozdíly:

STR            Roman     Petr

DYF395S1 17-17        17     (pozice 40, 41)

DYS556      14             13     (pozice 77)

DYS712      21             23     (pozice 94)

Na Y-67 je jeden rozdíl a na 37, 25 a 12 STR markerech máme úplnou shodu. Jak je vidět z následující tabulky, je odhad optimisticky laděný k mladšímu termínu TMRCA. Ve skutečnosti máme Adama Šemíka genealogickými metodami určeného o desítky let dříve před rokem 1700.

FTDNATiP™ Report

Více se dozvíme v příštím pokračování, které se zaměří na naše terminální SNP R-FT174249 alias R-Y184931.

Na závěr dnešního přemítání jsem zkusil zadat dotaz na fenomén dnešních dnů, tedy model strojového učení za pomoci metod neuronových sítí, zjednodušeně nazýváno umělou inteligencí. Co odpověděl ChatGPT od OpenAI na otázku: jak se zjišťuje TMRCA u Y-DNA?

TMRCA (Time to the Most Recent Common Ancestor) je čas, který uplynul od nejnovějšího společného předka mezi dvěma nebo více jedinci k současnosti. V případě Y-DNA se TMRCA vypočítává pomocí genetického testování Y chromozomu, který se dědí pouze od otce k synovi.

Existuje několik metod, které umožňují vypočítat TMRCA u Y-DNA. Jednou z nejčastěji používaných metod je použití molekulárních hodin, které určují tempo mutací a vývoj chromozomu Y v průběhu času. Pro výpočet TMRCA lze použít různé statistické modely a programy, které zahrnují různé faktory, jako je průměrná míra mutací a délka generace.

Existuje také několik typů markerů, které mohou být testovány při výpočtu TMRCA, jako jsou STR (short tandem repeats) markery a SNP (single nucleotide polymorphism) markery. STR markery se vyznačují vysokou mírou mutací a používají se pro vypočítání relativně nedávných TMRCA (například před několika stovkami let), zatímco SNP markery se vyznačují nižší mírou mutací a používají se pro vypočítání TMRCA vzdálenějších v minulosti (například před tisíci lety).

Je důležité si uvědomit, že výpočet TMRCA není přesný a může být ovlivněn mnoha faktory, jako je počet testovaných markerů, míra mutací, věk mutací a další faktory. Výsledky TMRCA se proto často uvádějí jako intervaly s určitou pravděpodobností namísto konkrétních čísel.

Statistika a pravděpodobnost

Metody klasické genealogie vychází z toho, co je psáno. Čím hlouběji v času jdeme, tím je psáno méně a méně. Ne vždy lze ale spoléhat na předpoklad – co je psáno, to je dáno. Proto přichází genetická genealogie, která může některé dohledané příbuzenské vztahy potvrdit nebo také vyvrátit.
Vezměme si jeden typ rodopisného bádání a tím je vývod, ve kterém hledáme rodiče rodičů. S každou generací se počet předků zdvojnásobuje, pokud nedochází k situaci, které říkáme ztráta předků. Popravdě řečeno, já osobně jsem se k pátrání svého vývodu dostal až po letech, kdy jsem zkoumal rodokmen Šemíků. Impulsem byla až tzv. rekreační genetika. Díky testu autozomální části genomu (atDNA) jsem se v několika případech propojil se vzdálenými bratranci a sestřenicemi.

Užitečnou pomůckou byl i test mé matky a strýce z otcovy strany. Oblasti, odkud pocházejí otcovy (Havlíčkobrodsko) a matčiny (okolí Litomyšle) linie, jsou geograficky odděleny. To mi pomáhá při základní selekci případných genetických shod. Zabývám se především těmi shodami, u kterých dochází k triangulaci se strýcem nebo matkou.

	db	shoda (%)	shoda (cM)	počet segmentů	nejdelší segment (cM)…	…na společném   chromozomu (Matka/Strýc)
Lenoch Václav 10 9 generací	MH	0,30	20,9	2	13	5
dtto	GM		12,1	1	12,1	5 (M-)
dtto	FT		11,5	1	11,5	5 (M+)
Daniel Jakub 8 generací (4C3R)	MH	0,40	28,8	2	21,6	2 (S+)
dtto	GM		20,5	1	20,5	2 (S+)
Souček František 7 generací (5C1R)	GM		28,4	7	6,2	8 (S+)
Vodstrčil Jakub 5 generací (4C)	MH	0,80	55,5	1	55,5	17 (M+)
dtto	FT		11,9	1	11,9	17 (M+)
Pleskač Josef 5 generací (4C)	MH	0,90	64,5	3	41,7	14 (S-)
Souček Jan 5 generací (3C1R)	MH	0,90	64,2	3	31,9	8 (S+)
dtto	FT		61,0	3	31,5	8 (S+)
Souček Jan 5 generací (3C1R)	MH	1,70	119,1	5	40,3	2 (S)
dtto	GM		139,2	7	38,9	2 (S+)

V tabulce jsou moje nálezy z posledních let. Všechny tři atDNA testy jsem nechal dělat u Family Tree DNA (FT). Pak jsem výsledky nahrál do databáze MyHeritage (MH) a na GEDmatch (GM). Když se objeví na některém z chromozomů nejdelší segment nad 10 cM a dojde k triangulaci s matkou (M) nebo s bratrem otce (S), zkusím kontaktovat druhou stranu. Jestliže potenciální bratranec či sestřenice zareaguje (není to pravidlem), zkusím zjistit, zda nemáme stejná příjmení a stejnou oblast, kde předci žili. Pokud nemáme dohledány v matrikách a v dalších písemných zdrojích předky, ve kterých bychom se protli, zkusím zapátrat a dostat se ke společnému manželskému páru vzdálenému často 5 i více generací. Ze shody v centimorganech (cM) lze odhadnout vztah dvou jedinců. Odhad vychází ze statistických metod a nabízí pravděpodobnost jednotlivých vztahů.

Triangulace obvykle ukáže u matky nebo strýce větší (M+ / S+) shodu než u mě. Výjimečně je shoda stejná nebo dokonce menší (M- / S-). Čím více generací nás odděluje, tím se zmenšuje velikost shody, a zmenšuje se i pravděpodobnost jakékoli shody. V případě potomka Jakuba Lenocha z matčiny strany je vzdálenost deset generací. Máme velké štěstí, že vůbec nějakou shodu máme. Moje matka ale na MH už s potomkem Jakuba nemá shodu žádnou. To však neznamená, že nejsme příbuzní, byť vzdálení.

Shoda na MyHeritage

Když jsem v roce 2021 nechal otestovat strýce Jiřího a výsledky jsem přenesl na MyHeritage, objevily se shody s Bártovými a Pleskačovými. Jméno Pleskač jsem měl ve svém vývodu, ale informace, která mě směrovala do Rankova u Chotěboře, byla zavádějící.

Josef Pleskač - 5 generací

Celkem sdílená DNA 0,9% (64,5‎ cM) se 3 sdílenými segmenty, ze kterých je nejdelší segment 41,7‎‎ cM na 14. chromozomu. S mým strýcem Jiřím Šemíkem má vzdálený bratranec 0.7% sdílené DNA (52.8‎ cM) na 4 segmentech a na 14. chromozomu 26,7 cM.

Triangulace tří jedinců na 14. chromozomu

Jednotlivá čísla jsou zajímavá, i když ne velká. Podle pravděpodobnostní tabulky by se mohlo jednat o 4. nebo 3. bratrance. Chuť do pátrání přibývá s triangulací mezi mnou, vzdáleným bratrancem a mým strýcem. Před rokem mi vytipovaný vzdálený bratranec odpověděl, že jeho maminka je z Chotěboře, odkud je i celá část její větve. Kandidáty zůstali Málkovi a Pleskačovi.

Nejnaděnějšími zůstali Pleskačovi (Josef Pleskáč ~ *1831 a jeho otec Václav). Oba z Dobkova. Pak tu byli Málkovi (u mě Čachotín; u bratrance Dolní Vestec). K přesun výsledků atDNA na GEDMatch se mi domnělého bratrance nepodařilo přemluvit. Druhá strana už bohužel na MyHeritage nekomunikovala.

Po nějaké době opět začal věnovat Pleskačům z Dobkova. 2. září 1802 se v Dobkově č. 18 narodil Václav Pleskač. To by mohl být náš společný předek. Václav Pleskač měl s Kateřinou roz. Musilovou syna Josefa (*18.9.1830). V další generaci opět Václav (*20.8.1865), jehož ženě Anně rodem Kredlové se narodila dcera Marie.

2. 12. 1895 nar. Marie Pleskačová ve Vepříkově č. 8

Pro zápis z matriky narozených jsem si dojel do Chotěboře, kde mají knihu narozených z Vepříkova z let 1872-1938. I jiné matriky z okolních vsí, které ještě nejsou předány do oblastního archivu, sahají hluboko do 19. století.

Ještě před cestou do Chotěboře jsem objevil ve sčítání obyvatel z roku 1880 v Dobkově č. 6. V rodině Václava, bratra Josefa, žil na vejminku otec Václav Pleskač. Jeho manželka Kateřina již nežila. Půlník Josef hospodařil v sousedním č. 7. A právě tento Josef a jeho manželka Františka jsou našimi nejbližšími společnými předky. Takto jsem tedy objevil na MyHeritage 4. bratrance (4C), a nevím, zda on o tom ví, protože mi nereaguje na zprávy, které mu posílám. Ještě uvedu ty, kteří nás spojují.

Já - strýc Jiří Šemík - babička Anna Křišťanová - Josef Křišťan - Marie Pleskačová - Josef a Františka Pleskačovi - Václav Pleskač - Marie Pleskačová - Marie Císařová - 3C1R - 4C. Poslední dvě osoby nechávám označeny zkratkou pro 3. sestřenici jednou posunutou a 4. bratrance. Nemám od nich svolení ke zveřejnění jmen.

Mohlo by vás zajímat: Triangulace

První výsledky

V samém závěru roku 2022. se objevily první výsledky. Porovnáváme Y-DNA ze dvou linií synů Adama Šemíka. Já jsem potomkem Václava a Petr, jehož výsledky se budou ještě upřesňovat, je potomkem Pavla.

Vše jde zatím podle očekávání. Všimneme si genetické vzdálenosti (distance). Menší počet rozdílů může znamenat bližší příbuznost se společným předkem v otcovské linii. Zatím však byly vyhodnoceny jen STR markery. Více napoví SNP vyhodnocení.

Vše se tedy bude upřesňovat. Vyčkejme ještě několik týdnů. Petrova haploskupina se pravděpodobně posune od R-M198 směrem k R-Y874 a společně vytvoříme novou větvičku na stromě ftDNA.

A co dělat v čase čekání? Já si k Vánocům nadělil dvě knížky, které jsou užitečnými pomůckami k propojení klasické genealogie a populační genetiky.

Horní, Dolní

Rodopisci si při vytváření rodových stromů některé linie označují slovně podle lokalit, ale setkal jsem se i s barevným označením. Modří, červení nebo zelení příslušníci rodu. Já jsem si ve finále náš klan rozdělil na dva hlavní kmeny. Nazval jsem je horní a dolní. Jak jsem k tomu došel?

Na počátku byl Adam Šemík ze Smrdova, dnešní Sázavky. Jak jsem pátral, postupně jsem si pracovně označil větve Ústeckou, z Prysku, Bačkovskou nebo Světelskou. Postupem času vykrystalizovaly dvě hlavní linie, jejichž někteří příslušníci žijí dodnes kousek od sebe v obci Ovesná Lhota. Šemíkovi dolní se objevili ve Lhotě v polovině 18. století. Šemíkovi horní sem přišli na začátku 19. století.

Některé linie se potkaly v Praze. Z těch, kteří žijí v Praze dodnes, je například Dolňák Petr. Do Prahy přišel jeho předek v roce 1901.  V 80. letech 20. století začal v Praze studovat na vysoké škole autor těchto řádků. I když jsem si neuměl představit, že bych v Praze zůstal i po studiích, žiji zde s rodinou doposud. Protože jsem Horňák, hledal jsem jednoho Dolňáka. Porovnáním yDNA jednak potvrdíme společného předka a potom také zkusíme ověřit dobu, kdy náš společný předek žil. Bez dohledání v písemných dokladech je to jediná metoda, jak dobu společného předka v mužské linii určit. Na výsledek stále čekáme.

Blíží se nám konec roku. Příští rok bude příležitost získat Adamovu radlici někým z narozených v letech 1999 až 2005.

Najde se někdo? Jak je vidět na obrázku, mohl by se někdo takový najít. Žlutě je označen poslední držitel Adamovy radlice, která čeká na nového opatrovatele v úschově.

Oklikou z Afriky do Evropy

Na úvod trochu teorie. Chromozom Y je přítomen u mužů, kteří mají jeden chromozom X a jeden Y, zatímco ženy mají dva chromozomy X. Protože ženy nemají chromozom Y, nemohou podstoupit testy Y-DNA, ačkoli jejich bratr, otec, strýc nebo dědeček z otcovy strany by je podstoupit mohli. Vzhledem k tomu, že chromozom Y se předává z otce na syna prakticky beze změny, mohou muži testováním svého chromozomu Y vysledovat své patrilineární (mužské) předky.

Tímto testem si můžeme poměrně spolehlivě ověřit matričně dohledané předky v otcovské linii. V průběhu deseti let jsem základním testem omezeného počtu STR nechal otestovat deset jmenovců, u kterých předpokládám, že máme společného předka kolem poloviny 17. století.

Horní molekula DNA se od spodní molekuly
DNA liší v jedné nukleotidové pozici

Podrobnější test, tzv. Big-Y, kromě stovek STR markerů, sekvenuje stovky tisíc SNP markerů. Jednonukleotidové polymorfismy, často nazývané SNP (vyslovuje se „snips“), jsou nejběžnějším typem genetických změn. Každý SNP představuje mutaci nebo novou větev na stromu. Podle počtu SNP, na kterých se muži v rámci databáze shodují, lze určit, jak blízce jsou si příbuzní.

To velmi zpřesňuje ověření „papírové“ evidence v matrikách a dalších písemných pramenech. Příjmení a psané historické záznamy sahají pouze do nedávné minulosti, ale naše otcovská haploskupina se předává prostřednictvím DNA z otce na syna již tisíce a tisíce let. 

Tři části rozrodu mužů počínající společným předkem

V současné době čekáme na výsledek Petra Šemíka. Jsme ve žluté části, kterou jsem nazval „Blízká rodina“. Naším společným předkem je Adam Šemík žijící před 370 roky. Test by měl toto potvrdit. 14. listopadu se začal Petrův vzorek DNA analyzovat. Trpělivě sledujme vývoj.

Hledáme předky, kteří žili před přijetím příjmení. Chceme objevit spojení na další lidi (vzdálené bratrance) s podobným i odlišným příjmením. To se dostáváme do modré části. Jedná se o období mezi rokem 1650 n. l. a rokem 1000-2000 před n. l. V tomto mezidobí se naši předci přesunuli z širšího okolí Kaspického moře na západ do Evropy.

Cesta z Afriky haploskupiny R-Y874
šedá oblast - území výskytu „bratranců“ Neandrtálců

Mapa ukazuje trasu pokrývající červenou část ze žlutomodročerveného obrázku. Tak tedy vzhůru do minulosti a držme si palce, ať poodhalíme další podrobnosti, odkud jsme přišli.

Vzpomínka na Věru Šemíkovou

Včera jsem dostal upozornění na čerstvou ztrátu ve velké rodině Šemíků.

 

Upřímnou soustrast pozůstalým.

Ještě přidám dovětek. Věra Šemíková s manželem Františkem Šemíkem byli pravděpodobně posledními Šemíky, kteří žili ve Smrdově. Později bydleli v jedné z prvních bytovek ve Světlé nad Sázavou v Kolovratově ulici. František pracoval jako dělník v Motorpalu Světlá. Protože se ale vyučil holičem, ve Smrdově příležitostně holil, a to až do konce šedesátých let. Holil místní muže v budově místního národního výboru, což byl původně dům obchodníka Vrby (dnes již neexistující č. 71).